Le Grand Prix de l'Imaginaire a été créé en 1974, il s'appellait alors Grand Prix de la Science-Fiction Française, par Jean-Pierre FONTANA à l'occasion du Festival de Science-Fiction qu'il venait d'organiser à Clermont-Ferrand.
En 1992, afin de pallier la disparition du prix Apollo (qui primait des romans de SF de toutes nationalités) et aussi afin de s'ouvrir à des genres voisins tels que la fantasy ou le fantastique, le Grand Prix de la Science-Fiction Française a cédé la place au Grand Prix de l'Imaginaire.
En 2010 le Grand Prix de l'Imaginaire déménage dans le cadre festival Étonnants Voyageurs de Saint-Malo, au mois de mai et non plus en fin d’année. De ce fait, pour distinguer les deux millésimes 2010, la 38ème édition se voit exceptionnellement intitulée « GPI 2010 Étonnants voyageurs ».